金針菇在亞洲、歐洲、北美洲、澳洲等地區(qū)廣泛分布，其發(fā)現(xiàn)及食用歷史起源于唐代。古人所說的“爛構(gòu)木兩三日即生菇”，就是指金針菇從構(gòu)木上生長出來。但在當時被叫做小火菇或冬菇、凍菇。
叫小火菇是因為野生金針菇連成一片，外形呈火紅色，像一團正在燃燒的火焰；叫冬菇或凍菇是因為野生金針菇通常在15℃之下才有機會生長。1872年，金針菇由美國真菌學家摩西·阿什利·柯蒂斯（Moses Ashley Curtis）描述并命名為Agaricus velutipes。1947年，德國真菌學家羅爾夫·辛格（Rolf Singer）將金針菇移到了Flammulina屬（金針菇屬），命名為Flammulina velutipes(毛腿冬菇）。Flammulina，是火焰的縮小形，指小火焰菇屬；種名加詞“velutipes”意思是“似天鵝絨的”。金針菇起源于冬菇，中國、日本的冬菇在形態(tài)上與歐洲的十分相似，大部分把兩者當作近親，因此該學名一直延續(xù)用了80多年。近年來，我國真菌學家楊祝良等研究發(fā)現(xiàn)分布于中國的金針菇和歐洲毛腿冬菇是兩個完全不同的物種，因此，給金針菇起了一個新學名“F.filiformis”。金針菇在日本叫做 enokitake,enoki是樸樹的意思，take意思是采摘的蘑菇。英語名稱來自日語，叫 enoki mushroom。
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